1999. gadā Rīgas konferences gaitā pirmoreiz tika pasniegtas kopīgās Baltijas valstu zinātņu akadēmijas medaļas. Par medaļu piešķiršanu lemj kopīga visu triju akadēmiju žūrijas komisija. Katra laureāta diplomā ierakstītais formulējums gan ir atšķirīgs, taču visus vieno lielais ieguldījums sadarbības veicināšanā starp Baltijas reģiona zinātniekiem un kopīgu zinātnisku pētījumu izstrādē.
Baltijas zinātņu akadēmiju medaļas Statūti (pieņemti 2021. gada 29. jūnijā Tallinā) (angļu val.)
Baltijas zinātņu akadēmiju medaļas laureāti
1999. gadā – Juras Požela (Lietuva), Jānis Stradiņš (Latvija), Evald Ojaveer (Igaunija)
2000. gadā – Jüri Engelbreht (Igaunija), Jarmo Visakorpi (Somija), Jurgis Vilemas (Lietuva), Juris Ekmanis (Latvija)
2001. gadā – Tālis Millers (Latvija), Carl-Olof Jakobson (Zviedrija), Benediktas Juodka (Lietuva), Mihkel Veiderma (Igaunija)
2003. gadā – Jonas Kubilius (Lietuva), Jānis Kristapsons (Latvija), Peeter Tulviste (Igaunija)
2007. gadā – Olof G. Tandberg (Zviedrija), Andrejs Siliņš (Latvija), Zenonas Rokus Rudzikas (Lietuva), Raimo Pullat (Igaunija), Matti Saarnisto (Somija)
2010. gadā – Pietro Umberto Dini (Itālija), Ain-Elmar Kaasik (Igaunija), Ervīns Lukševičs (Latvija), Zigmas Zinkevičius (Lietuva)
2013. gadā – Tarmo Soomere (Igaunija), Andris Šternbergs (Latvija), Eugenius Butkus (Lietuva)
2015. gadā – Benedikts Kalnačs (Latvija), Zenonas Norkus (Lietuva), Peeter Järvelaid (Igaunija)
2019. gadā – Īzaks Rašals (Latvija), Maris Laan (Igaunija), Vaidutis Kučinskas (Lietuva)
2021. gadā – Tiit Tammaru (Igaunija), Andris Ambainis (Latvija), Valdemaras Razumas (Lietuva)
Baltijas zinātņu akadēmiju Goda medaļu saņēma Edwin Kreuzer (Hamburgas Zinātņu un mākslu akadēmija)
2023. gadā - Baiba Rivža (Latvija), Arvi Hamburg (Igaunija), Jūras Banys (LIetuva)
Medaļas (64 mm diametrā, sudraba lējums) aversā ir attēloti Latvijas Zinātņu akadēmijas, Igaunijas Zinātņu akadēmijas un Lietuvas Zinātņu akadēmijas ģerboņi, reversā apkārt pa loku teksts latīņu valodā MEDALIUM ACADEMII SCIENTIARIUM BALTICI, vidū ir laukums laureāta vārda, uzvārda un medaļas piešķiršanas gada iegravēšanai. Medaļas autors ir LZA goda loceklis mākslinieks Jānis Strupulis. Ar Baltijas zinātņu akadēmiju medaļu apbalvotajam pasniedz arī diplomu. Medaļu diplomus paraksta visu triju Baltijas valstu zinātņu akadēmiju prezidenti.