1999. gadā Rīgas konferences gaitā pirmoreiz tika pasniegtas kopīgās Baltijas valstu zinātņu akadēmijas medaļas. Par medaļu piešķiršanu lemj kopīga visu triju akadēmiju žūrijas komisija. Katra laureāta diplomā ierakstītais formulējums gan ir atšķirīgs, taču visus vieno lielais ieguldījums sadarbības veicināšanā starp Baltijas reģiona zinātniekiem un kopīgu zinātnisku pētījumu izstrādē.

Latvijas Zinātņu akadēmijas, Igaunijas Zinātņu akadēmijas un Lietuvas Zinātņu akadēmijas sadarbība sākās 1990.gadā. Par sadarbības oficiālo sākumu tiek uzskatīts 1990.gada 28.jūnijs, kad triju akadēmiju prezidenti Tallinā parakstīja attiecīgu vienošanos. Tallinas tikšanās formāli bija veltīta Baltijas jūras ekoloģiskajām problēmām, un šāda jautājuma apspriešanas iniciatīva nāca no Zviedrijas Karaliskās Zinātņu akadēmijas. Trīs Baltijas valstu akadēmijas un Zviedrijas Zinātņu akadēmija parakstīja protokolu par sadarbību.

Igaunija

LZA īstenais loceklis Jānis Stradiņš ir Igaunijas Zinātņu akadēmijas ārzemju loceklis.

Par LZA ārzemju locekļiem ievēlēti Igaunijas zinātnieki Rihards Villems, Jiri Engelbrehts un Enns Tarvels. Trim igauņu zinātniekiem piešķirts LZA goda doktora nosaukums, tie ir Raimo Pullats, Mihkels Veiderma un Juhans Maiste.

Lietuva

Par LZA ārzemju locekļiem ievēlēti Lietuvas zinātnieki Benedikts Juodka, Aļģirds Sabaļausks, Raimonds Čiegis, Zigms Zinkevičs.

Par Lietuvas Zinātņu akadēmijas ārzemju locekļiem ievēlēti LZA īstenie locekļi Juris Ekmanis, Baiba Rivža, Jānis Stradiņš un LZA goda doktors Voldemārs Strīķis.